Helsingin Diakonissalaitoksen nopeasti reagoivaa ja kokeilevaa diakoniaa toteutetaan diakoniaprojekteina. Diakoniaprojekteiksi hyväksytään hankkeet, joissa ihmisarvoisen elämän edellytykset vaativat erityistä puolustamista. Kaikkein herkimmin reagoidaan niiden ihmisten hätään, jotka syyllistämisen ja häpeän vuoksi ovat joutuneet marginaaliseen asemaan yhteiskunnassa.

Projekteja käytetään myös vakiintuneiden toimintojen uudelleenprofilointiin. Projekteja toteutetaan yhteistyössä kuntien, ministeriöiden, kirkkojen, järjestöjen, RAY:n ja TE-keskusten kanssa. Diakoniaprojekteista vastaa diakoniajohtaja.