Helsingin Diakonissalaitoksen kirkon peruskivi muurattiin vuonna 1896. Kirkon piirustukset laati ja lahjoitti vapaaherra Karl August Wrede. Piispa Herman Råbergh vihki kirkon käyttöön vuonna 1898. Saman vuoden syyskuussa kirkossa toimitettiin ensimmäinen diakonissavihkimys.

Jo yli sadan vuoden ajan Diakonissalaitoksen kirkko on viestinyt laitoksen toiminnan kristillisestä perustasta.